生物育种是种业创新的核心。苏垦农科院紧紧围绕集团公司第二次党代会提出的“打造‘一核引领、双擎驱动’现代农业航母”的战略目标，加快构建生物育种开放式创新平台，集聚生物育种资源要素，提高生物育种技术应用能力。
2023年中央一号文件首次提出生物育种产业化，今年中央一号文件提出推动生物育种产业化扩面提速。苏垦农科院抢抓种业发展新机遇，持续推进生物育种创新开放式平台构建，加大生物育种技术的应用。对内将加快实验室设备的升级更新，建设快速育种平台、表型鉴定平台和生物育种大数据平台等；对外加大和国内一流生物育种专业团队的交流合作，加快推进小麦双单倍体育种技术、水稻基因编辑技术、玉米转基因技术、智慧育种技术等应用。
苏垦农科院把生物育种技术贯穿到农作物种质资源精准鉴定、优异种质创制、突破性品种选育、优质种子生产等方面，形成完整的生物育种创新链。在种质资源鉴定上，利用分子标记技术对大华种业现有的3000余份稻麦种质资源做个全面的“体检”，把种质资源转变为基因资源，挖掘利用抗病、品质、抗除草剂等10多个功能基因，鉴定出一批携带多种抗性基因的宝贵育种资源；在优异种质创制上，利用分子标记辅助选择技术实现优异基因的聚合累加，实现品种的定向改良，目前已经实现对“华麦”“华粳”底盘品种的抗病性、抗除草剂、食味品质等定向改良，获得优异种质50余份；在突破性品种选育上，利用分子标记辅助选择技术持续跟踪目标基因在育种后代的表现情况，实现育种工作由“大海捞针”向“定向撒网”的转变，精准筛选出潜力性状好的“优等生”，目前实验室重点跟踪5个功能基因，每年检测材料近4000份，检测数据近2万份，一批优良品系即将出圃；在优质种子生产上，利用“DNA指纹图谱”技术开展品种的真实性和纯度鉴定，建立一套完整的鉴定体系，2020年前后完成垦区主栽的7个水稻品种真实性分析和遗传聚类分析，2023年完成华粳5号等20余个稻麦品种的真实性鉴定，大大提高了垦区良种繁育的质量。建立转基因检测体系，开展垦区抗除水稻品种和油菜的转基因检测，保障粮食生产的安全性。
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